本发明涉及一种分离筛选异养硝化细菌的方法，首先制备牛肉膏—蛋白胨液体培养基，加入琼脂后加热灭菌，冷凝成平板固体培养基，然后将混合微生物菌群均匀涂布于牛肉膏—蛋白胨平板，静置冷凝后于生化培养箱30℃下培养7－10天，在形成的菌落中挑取单菌落到牛肉膏—蛋白胨平板划线纯化得到纯菌，然后将纯菌菌苔接种于氨氧化能力鉴定培养液，采用格利斯试剂直接点滴入适量培养液中进行硝化活性鉴定，鉴定试验以不接纯化菌株的氨氧化能力鉴定培养液作空白对照。本发明通过牛肉膏—蛋白胨琼脂平板分离，氨氧化能力鉴定液体培养基培养和格利斯试剂显色等步骤，可从混合微生物系中分离筛选异养硝化细菌，具有简便，重复性好，准确可靠的特点。