本发明提供了一种秦皮甲素的制备方法，所述方法包括提取、柱层析、浓缩和结晶步骤，其中柱层析步骤如下：a)离心或过滤提取步骤中所得提取液，将滤液或上清液直接加入大孔吸附树脂柱，其中秦皮药材和树脂的重量比为1∶2～1∶3；b)待提取液全部通过树脂柱后，用洗脱剂洗脱，待洗脱液澄清后，开始收集洗脱液，直到收集完10－15倍柱体积的洗脱液后停止收集。本发明制备秦皮甲素的方法操作简单，产率高，并且生成的秦皮甲素纯度非常高。