本发明涉及生物柴油，具体地说是一种生物柴油的制备方法，以含油微生物菌体为原料，用低碳醇作为酯交换剂，用无机酸作为催化剂，经转酯化反应后，反应混合物冷却、过滤、液相提纯后，获得生物柴油。本发明是直接用含油微生物菌体进行转酯化反应，可以替代用提取的油脂为原料进行的转酯化反应，它没有了从原料中提取油脂的工艺过程，因此降低了过程成本，缩短了工艺，为生物柴油的制备提供了一种新的原料来源，而且提供了一种直接从含油原料中制备生物柴油的方法。