本发明公开一种实时多目标标记及质心运算方法，它以视频跟踪器成像传感器所摄取的、经采样和二值化后得到的视频图像，及跟踪窗口信号作为输入信号，根据当前扫描行及上一扫描行像素点的信息，及目标的位置和连通情况，对跟踪窗口内的多个目标进行实时标记以及质心运算，同时不断地通过对标记进行动态调整实现多目标合并。采用本发明能够在跟踪窗口结束时实时完成窗口内所有目标的标记，同时输出目标个数、每个目标在方位、俯仰方向质心投影累加和以及像素点的总个数。本发明不需要对整幅输入图像进行存储，避免了存储整幅图像后再运算导致的输出相对输入的延迟，而且本发明处理的目标数可以任意多，仅受硬件资源的限制。