本发明涉及青霉素发酵液萃取和酶促催化反应一体化制备半合成抗药物中间体的工艺方法，特别涉及离子液体萃取青霉素及酶促催化反应耦合制备半合成抗生素6－氨基青霉烷酸的方法。利用亲水性离子液体形成的双水相，将青霉素萃取到含离子液体的上相，用疏水离子液体进行二次萃取，能使亲水离子液体被萃取到疏水相中，而萃余相的青霉素水溶液可直接进行酶促催化，酶活可达水相80％以上。本发明与传统工业用有机溶剂从水相萃取青霉素，纯化后再进行酶催化制备半合抗药物的工艺相比，不采用有机溶剂，是完全绿色化过程，同时疏水离子液体的二次萃取能将亲水性离子液体从青霉素水溶液中分离出来，保证后续水相酶催化工艺的效率。