本发明涉及的是一种湖泊水源地富营养水体中蚌的净化系统及其净化方法，属于湖泊水源地富营养水体生物净化技术以及富营养水资源化技术。净化系统包括桩、浮球、尼龙绳、盛蚌网孔框篓；净化方法，其特征在于在湖泊水源地富营养水体中，应用蚌的集约化设置，降低藻类生物量和悬浮物的方法；根据水源地用水量，建立相应时间的湖泊水柱蚌净化系统，确定最佳的蚌对叶绿素a和悬浮物单位消除量；根据蚌对叶绿素a和悬浮物最佳单位消除量，在水源地富营养水体中确定设置所需蚌的生物量，建造湖泊水源地富营养水体中蚌的净化系统工程；定期巡查管理，保持工程结构的完整，定期采收长成的蚌体，同时用生长良好的年青蚌补充工程区蚌的相应生物量。