一种避免电子装置中命令传输冲突的方法，所述电子装置包括一主系统，所述方法包括如下步骤：提供包括一延伸接口模块的嵌入式控制器和一专用输入/输出端口，所述专用输入/输出端口用于所述延伸接口模块与所述主系统之间的通信；开启所述专用输入/输出端口；所述主系统透过所述专用输入/输出端口将命令传送给所述延伸接口模块；所述嵌入式控制器分析并执行所述延伸接口模块接收之命令；所述命令执行完成后，所述嵌入式控制器将执行结果反馈给所述主系统。本发明还揭露一种避免命令传输冲突的电子装置。所述避免命令传输冲突的方法及其电子装置，通过一延伸接口和一专用输入/输出端口，分担命令传输，从而避免命令传输冲突。