本发明涉及一种水基磁性液体及其制备方法，目的在于克服已有技术存在的缺点，提供一种生物相容性好、颗粒水动力学直径小的水基磁性液体及其制备方法。本发明是采用羧基多糖作为磁性液体稳定剂，采用稳定剂存在下化学共沉淀法来制备四氧化三铁水基磁性液体，或采用先以化学共沉淀法制备纳米四氧化三铁颗粒，然后进行表面改性来制备四氧化三铁水基磁性液体。由于多数的羧基多糖具有无毒、生物相容性好的特点，而且分子链侧链含有丰富的活性基团羧基，易与药物、细胞、蛋白质或基因进行连接，所以适用于作为磁靶向药物载体、磁性液体细胞内热疗、核磁共振对比显像剂、磁分离等生物医学领域。