一种指纹硬盘及其数据处理方法，该指纹硬盘包括指纹传感器、硬盘本体、USB接口电路及USB控制器，所述指纹传感器和硬盘本体分别总线连接所述USB控制器。将载有指纹软件的所述硬盘连接到PC主机USB接口；所述硬盘被识别为USB Mass Storage Device设备，从而主机自动运行所述指纹软件；同时所述指纹传感器被识别为USB PrintingSupport设备。经所述指纹传感器采集的指纹数据被送往所述PC主机进行分析并提取特征，所述USB控制器接收该特征数据，与存储在硬盘中的样本数据进行比对；并根据比对结果来控制主机对硬盘上用户数据的访问。采用本发明，可以充分利用USB总线的带宽，并且无需在用户主机上人工安装软件，使用方便。