本发明公开了一种从虾壳制备甲壳素的环保低耗工艺，以及在制备过程中提取生物活性物质——虾青素及生物钙的方法。传统的甲壳素的制备方法一般均采用HCl脱钙，NaOH脱蛋白、脱脂，对虾壳中存在的高付加值生物活性物质未进行充分提取利用，而且生产过程中排放的废酸废碱液严重污染环境。本发明采用科学合理的方法在制备甲壳素的同时，用有机溶剂将虾壳中含有的活性物质虾青素分离提取出来，并用有机酸对虾壳中含有的生物钙进行高值化处理，制成当前第三代钙营养补充剂——果酸钙，同时脱钙，且提取获得动物蛋白粉。该工艺将环保污染降至最低，而且低耗、高产值。