本发明涉及一种中央处理器的过热保护系统及其方法，当一中央处理器的温度过高时，紧急关闭一电源供应器，以保护该中央处理器免于过热而烧毁，该系统包含有：一温度检测模块，用以检测该中央处理器的温度，且其内部预设有一温度临界值；一控制模块，当该中央处理器的温度达到该温度临界值时，用以发出一关闭电源信号；以及一关闭电源模块，接收该关闭电源信号，以关闭该电源供应器；当该中央处理器的温度超过该温度临界值，而该电源供应器仍未关闭时，由该中央处理器发出一紧急信号直接关闭该电源供应器，而不需通过该控制模块。本发明可确保在控制器正常与非正常工作的情况下，都可检测到中央处理器的过高工作温度，并及时切断电源，保证安全。