本发明提供了一种消除转基因植物的基因漂移对环境污染的方法及其表达载体。所述的表达载体包含炸弹基因表达盒和需要被防止出现基因漂移的靶基因表达盒。所述的方法包括，将所述表达载体转化植物并得到含有炸弹基因表达盒并可表达靶基因的转基因植株。一旦发现在发现转基因植物通过基因漂移污染其野生种、远缘种和/或近缘种等后，对转基因植物及其污染的其他植物施用无毒化控剂以引爆基因炸弹，杀死转基因植物及其受污染的其他植物，未受污染的植物不会受到影响。该方法在发生转基因漂移后可有效杀死或消除该转基因植物和受其污染的植物，并消除政府和公众对转基因植物的基因漂移可能造成的环境污染的忧虑，有利于转基因植物的研究和大面积推广应用。