本申请提供了一种关于无选择标记转基因水稻基因漂移频率的测定方法，包括：获取并种植转基因水稻和基因漂移受体，计算基因漂移受体的出芽率，并且进行取种，取种后培养得到杂交幼苗；根据外源基因设计特异性分子标记，并且通过特异性分子标记对杂交幼苗依次进行混池检测、分组检测和逐株检测；计算基因漂移频率。本申请采用区域模块混池取样方法，减少工作量，提高了工作效率。不受选择标记影响，当季收获后即可开展工作，并且本申请实际检测量均显著低于传统检测方法所需的检测量。综上可知，本申请能够解决传统转基因水稻基因漂移概率计算工作量大、耗时长而且基因漂移频率还受群体规模、盛花期风向和取样空间分布影响的问题。