本发明提供一种保护备份数据的计算机系统与方法，所述方法包括下列步骤：首先，提供一第一储存装置以储存该计算机系统的备份数据，该第一储存装置平时为关闭状态，以使该计算机系统的操作系统无法直接存取该第一储存装置。接着通过基本输出输入系统控制该计算机系统的主机板上的一脚位，以控制该第一储存装置的启动与关闭。接着通过一应用程序透过软件系统管理中断呼叫该基本输出输入系统启动该第一储存装置，以自一第二储存装置备份该备份数据至该第一储存装置。于备份该备份数据至该第一储存装置之后，透过软件系统管理中断呼叫该基本输出输入系统关闭该第一储存装置。本发明可完全阻止计算机病毒与骇客软件对于备份数据的破坏。