本发明提供了一种扩增目的核苷酸序列的方法。该方法涉及聚合和连接。含通用引物序列的上游寡核苷酸探针和下游寡核苷酸探针与靶核酸序列杂交后，聚合酶填补上下游寡核苷酸探针之间的含目的核苷酸序列的间隔序列，再由连接酶封闭上游寡核苷酸探针延伸序列3’末端与下游寡核苷酸探针5’末端的缺口。以连接产物作为模板，利用通用引物进行PCR扩增。该方法的特征在于，通过增大间隔序列，以提高目的核苷酸序列的选择自由度，并且相邻近的多个多态位点或特异核苷酸序列，仅需设计一对寡核苷酸探针就可扩增这些多态位点或特异核苷酸序列。该技术可应用于DNA序列改变和表达谱的检测。