用于多重实时核酸扩增检测的探针编码方法，涉及一种核酸扩增检测，尤其是涉及一种用于多重实时核酸扩增的探针编码方法，提供一种使目前的多重实时核酸扩增可检测的靶序列数目明显多于目前仪器可检测的荧光染料数目的探针编码方法或探针组合方法。先将核酸扩增检测仪器检测的荧光染料作为荧光探针标记的基本元素，称荧光基本元素；荧光基本元素之间的相互组合标记靶序列的特异指示探针，互相组合是指组合编码、排列编码和指数编码。利用好荧光基本元素数目、循环阈值和各荧光基本元素相对强度这三个变量来产生出任意多个基因特异性荧光指纹图谱，以便在荧光基本元素数目有限的情况下仍能同时检测出许许多多不同核酸序列。适合于多种靶序列的检测。