本发明是有关一种以电子显微镜观察活体单元的方法，包含有下列步骤：A.于一电子显微镜内的样品腔室中提供一活体环境，该活体环境内具有至少一活体单元及预定环境条件，可使该活体单元维持其基本生理功能，且该活体环境具有彼此相对的观窗口，该活体单元具有二种以上的对象分别可承受不同的临界电荷密度；B.以预定强度的粒子束透过该对观窗口照射于该活体单元于预定区域以及预定时间，并于该电子显微镜的成像装置上成像；其中，照射于被观测对象上的电荷密度是小于或等于该活体单元被照射区域中被观测对象的临界电荷密度。通过此可在不损伤活体单元的情形下，以电子显微镜来对活体单元进行观察。