本发明公开了属于水和废水处理与净化技术领域的一种用于控制膜－生物反应器膜污染的在线化学清洗方法。该方法以碱洗为核心，辅以酸洗，针对小规模与大中规模的膜－生物反应器，推荐了两种相应的清洗模式(固定清洗周期与TMP发展速率控制清洗周期)。该方法能够有效清除由大分子有机物和胶体物质形成的膜孔堵塞和凝胶层污染，从而恢复膜过滤能力，且操作简便，维护成本低。应用该方法可以实现膜组件的长期稳定运行，延长膜组件的使用寿命，降低膜组件的维护费用，从而确保膜－生物反应器规模化工程应用的长期运行稳定性，并降低其运行成本。