本发明公开一种嵌入式系统的调试方法，应用于由嵌入式系统和通过通讯接口与其相连的外部调试终端组成的系统，首先在被调试程序中增加调试模块，将被调试程序下载到嵌入式系统中并设置调试模块入口；然后运行被调试程序，当运行到调试模块入口时，调试模块暂停该程序的运行，保存当前程序运行环境并通知调试终端；调试终端从嵌入式系统中读取被调试程序运行环境的数据，分析和判断程序是否存在问题，如不需要继续运行，则结束，否则向调试模块发继续运行的指令，调试模块控制被调试程序继续运行，在下一调试模块入口处用相同方式处理，直到该程序执行完成或用户中断调试。本发明能在最终的硬件环境中运行调试，能够发现问题产生的真正原因。