本发明公开了一种异种数据的综合管理系统，包括至少一个数据结算子系统和至少两个数据管理子系统，所述数据的结算和管理相分离；还包括中央数据处理子系统，用于和所述数据结算子系统和数据管理子系统共同完成所述异种数据的处理及存储；该中央数据处理子系统与所述的数据结算子系统和数据管理子系统相连接。由于本发明采用一个中央数据处理子系统替代了现有技术方案中的多个独立的中间数据处理子系统，从而简化了大量异种数据的处理过程，节约了系统资源，并避免了中间数据处理子系统的重复建设。而且，异种数据的处理都需要经过中央数据处理子系统，故可以在该子系统中存储所有的数据处理结果，从而实现数据处理结果的共享。