一种河流水中生态系统恢复工法，包括下列阶段：为了使河底和上游隔墙上端面位于同一线上而使上游隔墙与河底维持同一高度的第一阶段；在离前述上游隔墙一段距离的地点，为了使河底和下游隔墙上端面位于同一线上而使下游隔墙与河底维持同一高度的第二阶段；在前述上游隔墙和下游隔墙之间根据河流的计划水深施工出一定深度，然后形成可放生符合当地特性的各种水中生物的蓄水区的第三阶段，第一到第三阶段形成了多个沼泽区；及在前述沼泽区之间建立可发挥净化作用的急流区的第四阶段。本发明不仅可以恢复并维持河流水中生态系统，还借着提升河流的自然净化能力防止河流污染，进而使河流生态系统的相关自然生态系统更健康，更容易运用亲水空间环境。