一种呼吸器警报监控系统及其处理方法，所述呼吸器警报监控系统包括一监控仪器、一网络转接器以及一服务器。该监控仪器用以产生监控信息。该网络转接器用以接收该监控数据，对该监控信息执行暂存、签章与加密操作。该服务器用以经由一网络接收该监控信息，对该监控信息执行解签与解密操作，并且根据该监控信息执行对应的应用程序。本发明可整合医学信息且置入程序判断以及可远程监控呼吸器的信息，令信息传输不致发生漏失，并且可侦测系统故障以排除，进而达成软硬件都具备高度信赖性、安全性、可信性、可用性、防伪性、可靠性等。