一种小分子团饮用水的流体声能制备装置，由流体声能发生器、压缩空气气源、空气过滤器、原料水容器、流体声能水处理罐、过滤器、臭氧发生器、紫外线灭菌器、流体声能灭菌装置组成的复合灭菌装置，无菌罐装封装机及连接管路和阀门组成。它根据设定气压值向流体声能发生器输入压缩空气，流体声能发生器通过压缩空气和水为动力产生声能，水和空气的混合体为流体声能发生器的流体动力介质；流体声能使水发生强烈声空化和共振，使得原长链分子结构的水分裂成为小分子团结构的水。再配合臭氧发生器、紫外线灭菌装置和流体声能灭菌装置组成复合灭菌装置对小分子团水进行灭菌处理，该装置可连续不间断产出小分子团饮用水。