复合枯草芽孢杆菌和乳酸菌微生物制剂的制备方法。利用枯草芽孢杆菌好气性微生物为主导菌，与乳酸菌嫌气性微生物采用科学的适当比例混合接种并在微好氧条件下的发酵工艺，培养出多种多样的微生物群落，各种微生物在其生长过程中产生的有用物质及其分泌物，成为各自或相互生长的基质和原料，通过这种共生增殖关系，形成一个复杂而相对稳定的微生物生态系统。选择农副产品和工业下脚料为主要成分，该培养基含有适合微生物生长的各种必须因子，能促进混合菌生长、芽孢的形成和胞外蛋白酶的分泌，且发酵时间短，基料含活菌数特别高。此微生物制剂用于渔业生产，降解、转化养殖水体中的有害物质，减少药物使用，营造良好的养殖生态环境，实现健康养殖。