提供了多种用于定位成像用微球的方法和系统。一种系统包括带有开口的过滤介质。这些开口在过滤介质上以基本上等距的形式分隔开。该系统也包括耦合到过滤介质的流动子系统。流动子系统被配置成对微球施加力从而使微球被定位于开口之上。一种用于定位成像用微球的方法包括通过过滤介质对微球施加力，从而使微球被定位于过滤介质中的开口之上。开口如上所述地分隔开。