一种用于处理海轮中压载水的系统和方法，通过产生次氯酸盐来处理压载水。该系统包括一个或多个次氯酸盐电解池与压载水流流动相通。氯分析仪设置在电解池的下游用于测量处理的压载水的氯浓度。在本方法中，水被抽取船上作为港口的压载物。处理水流与压载水流中分开并管道输送到次氯酸盐电解池中。次氯酸盐生成进入到处理水流中，氢副产品由氢分离器分离出来。处理水流然后重新引入到压载水中以去除海洋物种和致病细菌。在该压载水倾倒在新港口之前进行脱氯处理。