本发明提供一种船舶压载水处理系统，包括第一海底门、主压载泵、第一过滤器、主压载舱、第二海底门、加热模块、第二过滤器、电解装置、供电模块、加药泵和尾尖舱；第一海底门与主压载泵的入口连通，主压载泵的出口与第一过滤器的入口连通，第一过滤器的出口与主压载舱的入口连通；第二海底门与加热模块的入口连通，加热模块的出口与第二过滤器的入口连通，第二过滤器的出口与电解装置的入口连通，电解装置的出口与加药泵的入口连通，加药泵的出口分为两路，一路与尾尖舱的入口连通，另一路连通至第一过滤器的出口与主压载舱的入口之间的管路上。本发明还提供一种船舶。