本发明公开了一种基于水力气穴的船舶压舱水，例如海水，的灭菌设备和方法。该设备包括一个具有例如圆形或非圆形的横截面的气穴室，该气穴室容纳单个或多个金属、陶瓷、塑料材料的厚度不同的板的形式的气穴元件，其垂直于液流方向放置并以相同或不同的间距定位。气穴元件具有单个或多个不同横截面的孔，该孔是圆形或非圆形的，具有或不具有锐缘，并且具有流道的一小部分横截面开放区域。灭菌水可以通过附加灭菌系统再循环或从箱内释放入周边水道。海水/船舶压舱水的灭菌是通过水力气穴实现的，并且该方法不涉及使用任何化学物质或化学反应。所发明的设备和方法简单、生态环境友好且通过较小的改动就能适配于现有的任何船舶的吸入排放系统。它不像化学方法那样，它不对全体船员的健康构成威胁，而且其操作不需要特殊的技能或额外的人力。