本发明公开了一种基于水力气穴的船舶压舱水，例如海水，的灭菌设备和方法。该设备包括一个具有例如圆形或非圆形的横截面的气穴室，该气穴室容纳单个或多个金属、陶瓷、塑料材料的厚度不同的板的形式的气穴元件，其垂直于液流方向放置并以相同或不同的间距定位。所发明的设备和方法简单、生态环境友好且通过较小的改动就能适配于现有的任何船舶的吸入排放系统。该设备和方法能够有效地杀灭储存在压舱箱里的压舱水中的危害生物。