本发明流量调节阀控制系统，作用于一流量调节机构之上，流量调节机构内所设置的流量调节阀的开度大小产生变化而达流量调节，以马达的旋转作为流量调节阀开度大小的动力，马达的动力经数只变速齿轮及离合齿轮后传输至终端输出轴，以终端输出轴来驱动流量调节阀开度产生变化；透过与终端输出轴进行同步旋动的磁铁以及与前述磁铁对应的磁感应组件，计算终端输出轴的转数获取不同的回馈信号，得知流量调节阀的开度大小；终端输出轴在流量调节阀的开度最大及最小状态无法再转动时，离合齿轮产生保护脱离的动作令磁感应组件无法检知回馈信号，参照马达的正反转得知流量调节阀的开度为最大或最小，以作为流量调节阀控制系统频率信号归零校正的基准方法。