本发明公开一种风扇转速控制系统及方法，应用在设置风扇调节温度的电子装置，该系统包括：温度检测单元，具有多个传感器，检测该风扇对不同发热物调节温度后得到的温度并将检测到的温度输出；存储单元，储存温度与风扇转速间的对应关系，使一预定温度对应一预定风扇转速以及处理模块，依据该温度检测模块的各传感器输出的温度，依据该较高温度，从该存储单元撷取该温度对应的风扇转速，传送一控制信号至一风扇。本发明的风扇转速控制系统以及方法依据预设的温度对应一风扇转速，使风扇转速呈现一线形变化，避免临界温度附近温度振荡引起风扇转速剧烈变化，改善上述现有技术的缺点，使风扇转运行平顺，极大地延长风扇寿命并减少系统环境噪音。