本发明公开了一种检测裸子植物花粉管内抗原的方法。该方法，包括以下步骤：1)用含多聚甲醛的磷酸缓冲液将花粉管固定后，用含纤维素酶和离析酶的酶解液酶解裸子植物花粉管，再用质量百分比浓度为0.2－1％的TritonX－100或NP－40水溶液洗涤；2)将经步骤1)处理的花粉管与抗待测抗原对应的抗体进行免疫荧光反应，如检测到荧光，则裸子植物花粉管内含有该待测抗原并得到该待测抗原的定位情况。本发明的利用免疫荧光技术检测植物花粉管内抗原的方法抗原抗体结合充分，标记效果好，灵敏度高，扫描得到的图象信噪比高，能真实而充分地反映抗原在花粉管内的分布情况，具有较大的实际应用价值。