本发明揭示一种脉波宽度调变数字控制系统及方法，用以控制一应用电路的负载，该方法包含下列步骤：接收一感测自该负载的感测信号及一参考信号；比较该感测信号及参考信号，且输出一模拟比较信号；每当该感测信号处于一稳定区间时，计算该模拟比较信号的高位准及低位准发生次数；当每一该感测信号的稳定区间出现时，依据该高位准及低位准发生次数调整该触发信号以输出该脉波宽度调变信号之一部份至该负载上；并重复该计算及输出步骤，以利用该等脉波宽度调变信号部份连续组成该脉波宽度调变信号，藉以控制该负载。