本发明公开一种治疗呼吸道系统疾病的药物组合物及其提取工艺。该药物组合物原料药主要由化橘红、甘草、黄芩组成；上述药物组合物的原料药还可为其提取物。提取工艺为：黄芩药材乙醇提取，浓缩，加入盐酸调pH值为酸性，水解，静置，析出沉淀；经离心、洗涤、干燥制成黄芩提取物；甘草饮片乙醇提取，浓缩，用硫酸调pH值，冷藏，沉淀用稀氨水溶解后蒸干制成甘草提取物；化橘红药材乙醇提取，浓缩，上大孔树脂，先用水和稀乙醇洗脱，然后用乙醇洗脱，收集乙醇洗脱液，浓缩干燥制成化橘红提取物。上述药物组合物，加入常规辅料，按照常规工艺，制成临床可接受的任何剂型。本发明还提供了该药物组合物在制备治疗呼吸道系统疾病药物中的用途。