本发明公开了一种同时负载药物和纳米磁性颗粒的可生物降解胶囊的制备方法：将水溶性或亲水性药物、改性纳米磁性颗粒和表面活性剂或乳化剂溶解在水中，得分散体系A；将可生物降解高分子物质和有机溶剂混匀，得分散体系B；将表面活性剂或乳化剂与加入到水中，将其分散均匀，得分散体系C；将分散体系A与分散体系B混匀后，再与分散体系C混匀，得复乳体系；将所得复乳体系充分搅拌，形成核/壳结构的载药磁性纳米胶囊。本发明的方法工艺简单、可控，对生产设备要求低。所制得的磁性纳米胶囊的药物包封率高，可达80％左右，具备多效功能，可实施靶向和可控释放，并可采用核磁共振，CT扫描等方法在体外进行实时监控等特性。