本发明公开了一种负载药物的可生物降解型磁性纳米胶囊及其制备方法。胶囊为核/壳结构；可生物降解高分子材料构成壳层的连续相，磁性纳米颗粒分散于壳层里构成壳层的分散相，二者共同构成具有连续相和分散相的复合壳层；亲水性或水溶性药物形成核层。制备方法是：将药物和表面活性剂或乳化剂溶解在水中，得分散体系A；将可生物降解高分子材料、磁性纳米颗粒和有机溶剂混匀，得分散体系B；将表面活性剂或乳化剂与加入到水中，得分散体系C；将分散体系A与分散体系B混合后，再与分散体系C混合，搅拌蒸发去除有机溶剂后即可得到所需结构。本发明工艺简单可控，制得的胶囊具有高载药量，药物可控释放，可生物制导和磁性制导，可实现体外实时药物监控。