苹果汁生产中的耐热菌污染源是未彻底清洗的苹果和设备管道，一旦果汁或生产设备管道被耐热菌污染，常规的巴氏杀菌无法杀灭，本发明公开了一种利用臭氧杀灭苹果表面及生产设备中耐热菌的方法，其技术方案是向苹果清洗水中通入臭氧气，将苹果送入臭氧水中杀菌，另外在蒸馏水中通入臭氧气，将其送入果汁生产设备中进行循环清洗，既可将苹果表面及设备管道内壁残存的耐热菌完全杀灭，保证在生产加工过程中苹果汁中不含耐热菌，从而使果汁质量达到卫生标准。本发明在灭菌过程中，多余的氧原子会自行重新结合成氧分子，不存留任何有毒残留物。