本发明公开了一种深厚湿陷性黄土地基的处理方法，先在已做好的地基处理层上填筑一层防水垫层，采用灰土密实填筑；然后采用粗砂土为材料在防水垫层上填筑一层导水垫层；在导水垫层上填筑一层阻水垫层，采用灰土密实夯筑；在地基处理层周围、上部与防水垫层连接处围筑连续的截渗墙，该截渗墙与防水垫层将地基处理层封闭，并深入到非湿陷性土层；在位于截渗墙外围垂直钻筑导水井，其中填埋砂土，导水井穿透湿陷性黄土地层，并深入到非湿陷性土层；最后在导水垫层同一水平面沿地基四周铺设一圈水平导水管，该水平导水管铺设于导水井上方并与导水井相互垂直并联通。