一种来源于鼠组织的硫酸乙酰肝素及其制备方法，制备时将鼠组织绞碎均质后，脱脂，用蛋白酶水解，再用碱水解，脱蛋白，离心取清液，透析，透析液用氯化十六烷基吡啶沉淀，用核糖核酸酶和硫酸软骨素酶ABC水解，再用离子交换柱分离。制备本发明的硫酸乙酰肝素所用的原料独特，得到的产品组成与结构特异，抗凝性强，而且具有较强的抗辐射作用，极大地丰富了硫酸乙酰肝素种类，可为药物的分子模拟提供有用的模型结构信息，可用于与蛋白质的相互作用研究等。