本发明属于酶的基因工程技术领域，特别是涉及水解大豆异黄酮糖苷酶工程菌株及其构建方法，以及将该菌株应用于水解大豆异黄酮糖苷的生产中。本发明选用含有β－葡萄糖苷酶的乳酸菌进行培养，提取出葡萄糖苷酶的基因组DNA并对其进行PCR扩增、测序，把该基因亚克隆至T载体，最后克隆至表达载体，在大肠杆菌中进行表达，得到高活性水解大豆异黄酮糖苷酶工程菌株。本发明得到的工程菌酶活性高，价格低，应用于水解大豆异黄酮糖苷，水解效果得到改善，同时菌株来源具有良好的安全性，作为工程菌株水解糖苷在功能性食品应用中，具有广泛的应用前景和经济意义。