一种微流控芯片负压进样和分离的装置，由微流控芯片、负压源、三通电磁阀、接口和高压电源组成，其特征是负压源由真空瓶与电触点真空表和微型真空泵连接构成，电触点真空表作为控制微型真空泵的开关和用于指示真空瓶内压力，真空瓶与三通电磁阀c端口相接，三通电磁阀a端口直接与大气相通，三通电磁阀b端口通过接管道与接口相通，微流控芯片上有缓冲液储液池B、缓冲液废液储液池BW、样品储液池S、样品废液池SW，接口安装微流控芯片样品废液池SW上面，微流控芯片进样通道为S－SW，分离通道为B－BW，在分离通道B－BW二端连接高压电源。本发明成本低廉，自动控制真空瓶内的真空度，进样和分离的操作简单、负压稳定、速度快。