本发明公开了利用切口酶恒温扩增靶核酸序列的方法，其包括以下步骤：a)使扩增引物与核酸靶分子杂交；b)用DNA聚合酶合成双链核酸；c)所述切口酶识别特异性核酸序列，在其中一条核酸链上切割形成一个切口；d)DNA聚合酶以切口为起点，以未被切断的另一条核酸链为模板，合成新的双链核酸，并将旧链剥离以作为下一轮核酸合成的模板，同时在新合成的双链核酸上恢复切口酶识别位点；和e)重复进行切割、延伸和剥离的步骤，以扩增出靶核酸序列。本发明还公开了利用海藻糖提高切口酶反应温度使其能够与热稳定DNA聚合酶配合使用的方法。本发明还公开了用于扩增靶核酸序列的试剂盒及试剂盒在检测传染病病原体中的用途。利用本发明可制成操作简单，低成本，便携式的仪器，从而普及核酸诊断试剂。