一种实时时钟源的校准方法，用以接收f赫兹的时钟信号并输出F赫兹的校准后的时钟信号。此校准方法首先接收1赫兹的标准信号及N×f赫兹的高频信号，然后用标准信号作为开关在t秒内控制实际震荡信号的计数值，和t秒内无误差的计数值(t×N×F)做比较，得到误差值E。接着，接收时钟信号，当k×t×N＜E≤(k+1)×t×N时，在(E－k×t×N)秒内每秒计(F－k－1)个时钟周期作为1秒，并在((k+1)×t×N－E)秒内每秒计(F－k)个时钟周期作为1秒，从而在t×N秒内补偿时钟误差。最后，输出校准后的时钟信号。其中，f及F均为正实数、t与N均为正整数、E与k为均整数。