本发明实施例提供一种实时时钟校准电路、方法及芯片结构，属于芯片技术领域。所述实时时钟校准电路包括：时钟模块，包括系统时钟、实时时钟和参考时钟，其中所述参考时钟被配置为具有固定频率；统计模块，用于在所述系统时钟、所述实时时钟和所述参考时钟处于时钟同步时，统计所述实时时钟和所述参考时钟的周期数；以及校准模块，用于根据所述实时时钟和所述参考时钟各自的频率和所述周期数，校准所述实时时钟。本发明的实时时钟校准电路克服了系统时钟的频率不稳定性带来的校准不精确且操作复杂的问题。