本实用新型涉及一种变频脉冲电子除藻装置，属于环保设备技术领域。该装置包括变频脉冲电源、两个负载线圈、输水管道以及水泵。水泵置于输水管道的入水口处，输水管道的入水口和出水口分别与同一水域相连通，所述的两个负载线圈缠绕在输水管道上，两个负载线圈之间相互连接。变频脉冲电源的两个输出端分别与两个负载线圈的另两个端口相互连接。本除藻装置，利用蓝绿藻类在电磁场的作用下其体内发生变化，不能生长或存活的特点，利用变频脉冲电源除藻，具有低成本、高效率、使用方便和节约能源等诸多优点。