本实用新型涉及一种变频脉冲电子除藻船，属于环保设备技术领域。包括船体、变频脉冲电源、两个负载线圈和输水管道。变频脉冲电源置于船体内，输水管道置于船体底下。两个负载线圈缠绕在输水管道上，两个负载线圈之间相互连接。变频脉冲电源的两个输出端分别穿过船体底部后与两个负载线圈的另两个端口相互连接。本除藻船通过频率和幅度变化的电磁作用使得藻类的细胞结构受到破坏，从而难以生存，达到除藻的目的。本除藻船具有低成本、高效率、使用方便和节约能源等诸多优点。