本实用新型公开一种分离型捞藻船。该分离型捞藻船含有双体船和倾斜式旋转筛。倾斜式旋转筛固定在双体船甲板上，双体船甲板之下有蓝藻收集舱，倾斜式旋转筛的出藻口处于蓝藻收集舱的进口上方且二者间相对应。倾斜式旋转筛的进口接有自吸泥浆泵和管道，通过该自吸泥浆泵和管道可将水面的蓝藻抽入倾斜式旋转筛内。进入筛筒的蓝藻在筛筒旋转的同时，沿着导流条缓慢向低端流动。其中的水分从网眼漏下，留在筛筒内的低含水量蓝藻从筛筒低端的浓液出口被排出后送入蓝藻收集舱内。采用这种分离型捞藻船对蓝藻进行收集和藻水分离，可避免对环境造成的二次污染。适用于湖泊出现蓝藻爆发时的蓝藻收集和藻水分离。