本实用新型提供一种多功能清理船，包括主船体、清理模块、回收装置、拦截装置和至少2艘导航船，拦截装置可升降地设置在主船体的船头，每艘导航船连接拦截装置，用于带动拦截装置在水中航行和/或转向，拦截装置用于拦截水中的水草或漂浮垃圾。清理模块可拆卸地设置在主船体上，用于割除水草并收集至回收装置中、收集漂浮垃圾至回收装置中，或用于抽吸水中的蓝藻至回收装置中。回收装置设置在主船体上，用于对水草、漂浮垃圾和蓝藻分别进行脱水并回收。与现有技术相比，本实用新型能大面积将水草、漂浮垃圾或蓝藻等漂浮物进行有效且快速地清理和回收，能减少水中水草、漂浮垃圾或蓝藻等漂浮物的数量，能加强水质，美化环境，减少环境的污染。