本实用新型涉及一种燃料电池城市客车顶部的安装结构，该结构包括燃料电池发动机、城市大巴顶部车架、车壳；所述的燃料电池发动机包括燃料电池堆与支持其正常运行的辅助子系统、氢气罐及氢气输送子系统、散热器和水泵的冷却与散热子系统，所述的城市大巴顶部呈与燃料电池发动机各系统大小、形状相匹配的凹形结构，燃料电池发动机各系统分别设置于该凹形结构部位，该大巴与普通燃油大巴高度高出不多。本实用新型根据燃料电池发动机的结构与特点进行改进，安全性更高、更美观。