本实用新型提供了一种适合于对包装后食品进行高效杀菌的微波杀菌机，该杀菌机包括输送带、支架、微波杀菌区、具有防止微波泄露的进出料机构，微波杀菌区沿被杀菌物品的传送方向被若干金属分隔板分为若干个各自独立、互不干扰的微波辐射室，各金属分隔板中间设有可供被杀菌物品通过、且能屏蔽微波的弹性金属片，各微波辐射室设有独立的微波发生器。本实用新型的杀菌机能保证被杀菌物品在经过每一辐射室时都能得到强度足够、均匀性好的微波辐射，使得被杀菌物品可在短时间内得到有效的杀菌，不仅节约能源，而且温升不高，压力不大，特别适合于罐装或袋装食品的后续加工。